澳門回歸中國以後，依照澳門基本法的規定，澳門的社會制度、法律制度和司法體系地位保持基本不變，因此，澳門可以享有獨立的行政、立法權、司法權和終審裁判權。由於澳門社會制度和法律制度的獨立性，因而構成與中國內地法律和司法體系完全獨立的另一法域，所以兩地司法街突和互不街接便客觀存在。 隨著中國內地與澳門的居民在相互交往日益頻繁、範圍不斷擴大的情況下，互相涉及的刑事案件也時有發生，而其衍生的法律問題也日顯突出和復雜，因此，爲了維護兩地安定的社會秩序和居民的正當權益、及有效打擊跨域犯罪，中國內地與澳門之間是需要建立司法協助制度，尤其是在刑事領域方面。 解決中國內地與澳門在刑事領域的司法協助，探取協商方式進行，是必然的原則，然而，具體上應如何操作，則值得加以探討，因爲協商方式一定帶出下列情況:(1)由誰進行協商，如何確定協商的主體;(2)協商的成果，是否需要形成協議?倘若形成協議，這一協議是雙方共同選守,或是協商達成共識後雙方各自立法?(3)是一攬子解決兩地在刑事領域的司法協助中面對的問題，還是分階段地解決?或是個別部門、個別地區具備條件的先協商解決?另一方面，澳門回歸已超過兩年，爲何兩地尙無法達成有關協議，他們所面對的是什麼困難?究竟是訂定協議的內容存在困難，或是執行協議的內容存在困難。 本文冀望能對上述問題，提出可行的解決方法，及對兩地刑事領域的司法協助所引伸的問題，包括:兩地刑事訴訟程序的差異；定罪量刑的原則和輕重不一；囚犯在服刑期間待遇的不同及否將服刑者遣返原居地服刑等等，作出剖析，祈能避免當事人因兩地司法協助所產生的效力，對其造成不公平的結果。 本文採用直接比較的方法，從第二章至第四章依序分別對兩地的刑事訴訟法、刑法及監獄制度進行比較，以展示兩地有關法律的主要不同之處，並指出司法協助對他們的差異部分所造成的影響,第五章是針對1995年涉及粵港澳三地的海盜案進行個案分析，藉以帶出司法協助對跨域案件所起的作用及影響，第六章講述兩地在刑事領域的司法協助現況，分析兩地司法協助協議要面對的困難，提出兩地在刑事領域的司法協助協議可探用的具體方式，並對其作可行性研究，其後，對有關內容進行總結。 最後，將對兩地協議的內容提出可行的建議，使兩地在刑事領域的司法協助範疇中，有關操作屑面上能得以順利進行，冀能對兩地合作預防及打犯罪作出貢獻。